Η ανάλυση με ζευγάρια διαφέρει κάπως από την ατομική ψυχοθεραπεία.
Η κύρια διαφορά έγκειται στο ότι ο θεραπευτής δεν θα εισχωρήσει στις προσωπικές εμπειρίες του κάθε ατόμου με την ίδια επιμονή και ένταση. Αντιθέτως θα εστιάσει περισσότερο στην επικοινωνία του ζευγαριού. Θα προσπαθήσει να τους κάνει να συνειδητοποιήσουν τι συμβαίνει και πως ερμηνεύουν τα πράγματα μεταξύ τους παρά τι συμβαίνει μέσα στον καθένα τους. Ο στόχος της θεραπείας ζευγαριών είναι να καλυτερεύσουν και να αποκαταστήσουν την επικοινωνία μεταξύ τους. Μία σχέση είναι δυνατή όσο υπάρχει σωστή επικοινωνία μεταξύ των συντρόφων. Όλα τ’ άλλα είναι δευτερεύουσας σημασίας.
Ο δρόμος όμως για την επίτευξη του στόχου είναι ίδιος με αυτός της ατομικής ψυχοθεραπείας: Αυξημένη επίγνωση και συναίσθηση που θα αποφέρει αλλαγές στα συναισθήματα και την συμπεριφορά μέσα στην σχέση.